医学信息工程学院成立于2003年，现拥有计算机科学与技术、生物医学工程、医学信息工程、信息管理与信息系统4个专业，在6个专业方向上招收本科生，联合招收软件工程硕士研究生。计算机科学与技术专业为山东省一流本科专业建设点、首批山东省卓越工程师教育培养计划；生物医学工程专业为山东省一流本科专业建设点。与中国科学院计算机网络中心合作建立了国家科学大数据日照节点。2016年3月成立济宁医学院健康大数据研究中心，创建有“智慧医疗协同创新平台”。实验教学用房总面积4500余平方米，教学科研仪器设备总值3120余万元。有专业实践教学基地16个。是山东省服务外包人才培训机构。2018年被授予“山东省校企合作（产教融合）示范单位”荣誉称号。2019年为首批山东省标杆院系党组织建设单位，2023年10月验收合格。

学院现有专任教师66人，其中教授6人，副教授32人；专任教师中博士学位21人，硕士41人；有全国优秀教师、教学名师、“五一劳动奖章获得者”、“全国大数据创新百人”等。在国内外核心刊物上发表学术论文近400篇，其中SCI、EI等收录100余篇，ESI高被引论文5篇。主持或参与国家自然科学基金项目16项，山东省自然科学基金、省科技攻关计划等课题24项 ；主持山东省教育规划课题等10项。获省科技进步奖、省级优秀教学成果奖8项，省高校科研成果奖等36项。

现有在校生1200余人。学生科技创新成绩斐然，获得首届中国“互联网+”大学生创新创业大赛总决赛银奖1项；全国信息技术水平大赛二等奖2项、三等奖1项；全国大学生数学竞赛（非数学类）一等奖1项，三等奖2项；全国信息技术英语水平大赛“STC”杯二等奖1项；第一届“交通-未来”大学生创意作品大赛二等奖1项；全国高校“西普杯”信息安全铁人三项赛二等奖1项；中国大学生服务外包创新创业大赛三等奖10项；全国高校计算机能力挑战赛-Office高级应用赛三等奖2项；国家人口健康科学数据中心“共享杯”大学生科技资源共享服务创新大赛三等奖等3项。山东省“互联网+”大学生创新创业大赛金奖1项，银奖2项；齐鲁软件设计大赛获奖100余项。

建院二十年以来，共为国家输送优秀毕业生近6000人，2022届、2023年本科毕业生考硕士研究生录取率23%，本科毕业生就业率近三年平均达到96%以上，毕业生分布在国家机关、事业单位、知名企业等各行各业，受到用人单位高度评价，还有大量创业成功明星，为社会经济发展与建设做出巨大贡献。