医学信息工程学院成立于2003年，现拥有计算机科学与技术、生物医学工程、医学信息工程、信息管理与信息系统4个专业，在8个专业方向上招收本科生，联合招收软件工程硕士研究生。计算机科学与技术专业是山东省一流专业建设点、山东省卓越工程师教育培养计划、校级特色专业，生物医学工程是校级一流专业。与中国科学院计算机网络中心合作建立了国家科学大数据日照节点，2016年3月成立济宁医学院健康大数据研究中心，创建有“智慧医疗协同创新平台”。实验教学用房总面积4500余平方米，教学科研仪器设备总值3120余万元。有专业实践教学基地16个。是山东省服务外包人才培训机构。2018年被授予“山东省产教融合校企合作先进单位”荣誉称号。

现有专任教师72人，其中教授8人，副教授28人；有兼职教授5人，其中长江学者1人；博士生导师3人，硕士生导师7人；专任教师中博士学位18人，硕士54人；有全国优秀教师、教学名师、师德标兵、“五一劳动奖章获得者”等10人。计算机科学与技术为省级（培育）一流学科，生物医学工程为校级（培育）一流学科；健康大数据科研创新团队为省级（培育）科研创新团队，智慧医疗科研创新团队为校级（培育）科研创新团队。近5年在国内外核心刊物上发表学术论文近200篇，其中SCI、EI、CSSCI等收录近100篇，ESI高被引论文5篇。主持或参加国家自然科学基金项目14项，山东省自然科学基金、省科技攻关计划等课题20项 ；主持山东省教育规划课题等10项。获省级优秀教学成果奖5项，获省科技进步奖、省高校科研成果奖等36项。

现有在校生1600余人，学生科技创新活动成绩斐然，获得首届中国“互联网+”大学生创新创业大赛总决赛银奖，全国信息技术水平大赛二等奖2项，三等奖1项，首届山东省“互联网+”大学生创新创业大赛金奖、第二届山东省银奖，齐鲁软件设计大赛一、二、三等奖20余项。建院以来，共为国家输送优秀毕业生近4000人，历届本科毕业生考研率一直保持在30%以上，其中，考取芬兰坦佩雷理工大学、香港浸会大学、中国科学院、复旦大学、南京大学、华中科技大学、中国人民大学、中南大学等国内外重点大学或科研机构的占到50%。本科毕业生就业率近三年平均达到97%以上。